El Museo fue construido para albergar uno de los últimos proyectos del Ministerio de Cultura de Egipto, y mostrar las antigüedades halladas en los oasis de El Kharga y también de Dakhla. Se utilizaron para la construcción materiales locales y ladrillos tradicionales de la arquitectura de la región para que el nuevo edificio armonizara con su entorno. Cuenta con tres plantas, de las cuales las dos inferiores están dedicadas a las exposiciones.
En la planta baja, pueden observarse los objetos prehistóricos, herramientas, fósiles como huevos de aves y una infinidad de otros elementos hallados en el Desierto Occidental. En la misma planta, se encuentra también la muestra relacionada con la era faraónica. Durante esta época los oasis que hoy conocemos eran provincias organizadas para defenderse de invasores y con un complejo sistema de culto. Tumbas de faraones, estelas de diferentes templos y otras piezas arquitectónicas pueden verse allí.
