Situado en un emplazamiento aislado, al sur de la Gran Rampa sobre la Vía Real, el palacio norte era un elemento independiente de la ciudad. Con una planta rectangular, ocupaba unos 160 m2 y estaba rodeado por gruesas murallas. Decorado con exquisitas pinturas murales, que representan la vida de los pantanos, el rey podía contemplar animales y pájaros satisfaciendo así su amor por la naturaleza.
El palacio es conocido por su supuesto papel como el palacio que sirvió de refugio a la reina Nefertiti, después de su supuesta caída en desgracia. Efectivamente, era la residencia de una reina, aunque la reina en cuestión era una esposa menor de Ajenatón llamada Kiya. Sin embargo, las inscripciones e imágenes de Kiya en este lugar fueron alteradas con posterioridad por una nueva ocupante, al final del reinado: la hija-reina de Ajenatón, Meritatón.
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